La reina Isabel siempre tuvo claro que sus hijos, el heredero del trono, y sus hermanas recibirían cuidada educación porque serían reinas en grandes países. Las rodeó de damas y señoras de compañía, bien educadas. Estudiaron todo aquello que era conveniente en la época y, además: literatura, poesía, danza, música, filosofía, latín, griego, incluso derecho canónico, otras ciencias e idiomas. Luis Vives escribió que la edad nuestra vio a aquellas cuatro hijas de la reina Isabel tener muy buenas letras. De todas partes me cuentan en esta tierra (Flandes), y esto con grandes loores y admiración que la reina Juana, mujer del rey don Felipe (el Hermoso) y madre de nuestro Emperador Rey don Carlos, haber respondido de presto en latín a los que por las ciudades y pueblos por do iban le hablaban, según es costumbre hacer en los pueblos con los príncipes... 
Juana no fue la que todos han pretendido hacernos creer, ni tampoco que su mente estuviera empañada hasta el grado de locura que se ha mantenido siglo tras siglo. Es muy cierto que por parte de su esposo, su padre y su hijo no tuvo una vida feliz. Las intrigas y ambiciones de los tres, la falta de amor del esposo relegándola y haciendo todo aquello que muchos reyes ofertaron a sus esposas, pudieron dar lugar a celos legítimos, enfermizos quizá, que la soledad en un país extraño para ella y donde, aparte de las personas que la acompañaron y en las que quizá lograse hallar algo consuelo y resiliencia, frente a su adversidad, su vida no fue la que se hubiera merecido.
Entre otros muchos dones que Juana  poseía, estaba bien dotada para la música y la pintura. Tanto ella como sus hermanas sabían tocar más de un instrumento. La corte de la reina Isabel contaba con la organización musical de la Capilla Real, que permitió a sus hijos una sólida preparación musical. El hijo contaba con buena voz y tuvo  su propio coro. Su madre al irse Juana a Flandes, envió junto a su corte, un número nada desdeñable de músicos para alegrarla en la distancia. El inventario de instrumentos musicales incluye: llaviorgano, monocordio, templador de monocordio, dos cajitas con aljofaris y una vihuela. Ya viuda, Pedro Mártir de Anglería, escribe que se complacía oyendo a los músicos y cantores flamencos.