Hacia 1542 se documentan los primeros datos y acciones de la vida de Juan Valverde de Amusco (ya que siempre llevó por bandera su pueblo asociado a su nombre) en Padua, la primera de las localidades del norte de Italia en las que inicia su período de formación académica y, a la vez, de instructor médico ayudante en la cátedra de dicha ciudad.

En esos momentos en la ciudad ejercía como principal profesor de anatomía Andrés Vesalio, que había nacido en Bruselas (1515-1564), de origen flamenco y que había estudiado en las universidades de Lovaina y París, para posteriormente, con veintitrés años de edad, iniciar su andadura como profesor de la universidad italiana de Padua. Apenas estuvo un tiempo, desde 1537 hasta 1543, cuando publicó en Basilea su obra De humanis corporis fabrica libri septem (Sobre la Estructura del cuerpo humano), un voluminoso tratado de anatomía (de más de 700 páginas), que se convirtió en la primera obra anatómica y revolucionaria de la ciencia renacentista. Está escrito en latín académico (lenguaje que se utilizaba en todas las universidades europeas), con una edición bastante limitada y cuyo editor fue Johannes Oporinus. 
No olvidemos que casi un siglo antes, en 1450, Gutemberg  había puesto en marcha la imprenta de tipos móviles y por eso la difusión de las ideas médicas y de los tratados anatómicos renacentistas gozaron de un gran impulso de difusión, posibilitando, así, que alcanzaran una gran repercusión los escritos anatómicos renacentistas y especialmente los de Vesalio y Valverde.

Entre las aportaciones más destacada del anatomista flamenco hemos de subrayar que, junto a Valverde, describirá por primera vez en la historia el inicio del trayecto intracraneal de las arterias cerebrales y que las imágenes del mismo fueron xilografías en taco de madera. Son aspectos en los que profundizaremos en el cuarto capítulo de la serie.

Este fenomenal, rico y amplísimo tratado de anatomía fue la obra base del Renacimiento, que será corregida en un primer momento por Realdo Colombo (alumno y estrecho colaborador de Vesalio en Padua) en su tratado anatómico De Re Anatómica publicado en 1559 y sobre todo, ampliado y enriquecido en muchos de los conocimientos y contenidos por el gran anatomista amusqueño a través de su impresionante obra en 1556 (alumno y, a su vez, colaborador de Realdo Colombo en Padua, Pisa y Roma). 

Estas correcciones realizadas tanto por el italiano Colombo como por el español internacional Valverde no gustaron mucho al flamenco Vesalio y, por ello, intentó desacreditar constantemente a los dos, ya que, en algunos momentos les tachaba de manera irracional de plagiadores de sus ideas.

No debemos olvidar y subrayamos que el tratado anatómico de Vesalio, comúnmente conocido como La Fábrica, basa sus datos, sus conocimientos y todo su tratado en una oda a las tesituras y planteamientos galénicos (como observamos en el capítulo anterior) y, por tanto, cometía los mismo errores e incorrecciones del autor de la antigüedad, que recordemos basaba sus conocimientos en el estudio anatómico, osteológico, neurocerebral y miológico en animales, con incorrecciones claves al basar las disecciones en la anatomía animal.
Iniciaba así Juan Valverde su periplo de aprendizaje en tierras italianas de la mano de Realdo Colombo, siendo este el lugar más indicado para un ávido hombre con unas innatas ansias de conocimientos de aprendizaje médico-anatómico y unas inmensas habilidades prácticas para el ejercicio de la cirugía, completando, así, un gran paso en lo que serían las bases de su formación académica y en la adquisición de sus técnicas médico-anatómicas. 

A comienzos de los cuarenta del siglo XVI, un estudiante en el norte de Italia contaba con las lecciones diarias de Giovanni Batista da Monte en el hospital San Francisco el Grande. En este hospital de Padua, los estudiantes aprendían junto a las camas de los pacientes la verdadera medicina, algo que a Valverde le encantaba. Este procedimiento de aprendizaje era novedoso, pues en la mayoría de los reinos europeos no era así, y no solían visitar enfermos durante su formación universitaria. Se solía acompañar a un médico en sus visitas y actuaciones una vez licenciado en la universidad, lo que representaba «las prácticas médicas». Y a partir de estos primeros seis meses acompañando a médicos ya estaban en la posesión para poder ejercer la medicina como tal.

Además, contaban con las clases del gran anatomista Vesalio, después sustituido por Colombo, con el que Valverde completó una gran carrera profesional (que incluirá sus primeros momentos en Roma hasta la muerte de Colombo en 1559) bajo el magisterio de este grandísimo anatomista italiano y con el que cultivó unos intensos lazos afectivos y profesionales. Juntos caminaron en su andadura por Padua, Pisa y llegaron a Roma por demanda del Papa y a requerimiento de los servicios personales de Colombo.

En 1545, la gran figura del Renacimiento, Cósimo de Medici, se lleva a Colombo a la Universidad de Pisa y Valverde decide acompañarlo, inscribiéndole en la universidad de esta ciudad como ayudante de la cátedra de anatomía y alumno. Valverde continuaba los pasos de su mentor y a la vez participaba más activamente en las demostraciones de disecciones que llevaba a cabo su profesor y referente.

EN ROMA. Dos años después, en torno a 1548, el Papa Paulo III pidió a Realdo Colombo que se trasladase a Roma y que participase en el equipo de cirujanos que lo atendían diariamente, asumiendo desde este hecho la cátedra de la Universidad Papal de Roma.

Valverde nuevamente acompañó a Realdo Colombo durante su estancia en Roma. Desde su llegada, gozó y disfrutó de la enseñanza de la medicina en el hospital Espíritu Santo como clínico y vinculado con Colombo a la universidad, ampliando sus conocimientos anatómicos y de cirugía. Desde la cátedra «formó médicos para ser cirujanos y desde el hospital, formó cirujanos en el arte de tratar úlceras, fracturas y luxaciones».

En estos primeros compases en Roma participará en la autopsia del cardenal Cibo en 1550, de la familia de los Medici, y a partir de 1551 entrará en contacto con la segunda de las grandes figuras de su vida, el cardenal fray Juan Álvarez de Toledo, que le protegería e impulsaría su carrera y sus relaciones en la curia vaticana con los prelados y los papas, especialmente Paulo III y, sobre todo, Paulo IV.

Por último, este primer gran esfuerzo formativo en las diferentes ciudades italianas, desde Padua, Verona, Pisa o Roma, va a cristalizar en la primera gran publicación del anatomista palentino, un tratado sobre salud, que se produjo bajo el patronazgo del cardenal Girolamo Verallo y que llevó por título De animi el corporis sanitate tienda libellus en 1551.

Casi todos los grandes anatomistas de la época comienzan su andadura publicando un tratado de salud, y con ello Valverde mostraba al mundo que su proceso de formación y sus primeros pasos en Roma estaban siendo muy fructíferos y enriquecedores para su saber científico y médico.

En Roma, el amusqueño iba estableciendo un marco de relaciones importantes con altas figuras de la Iglesia, que le llevó a tomar la decisión de afincarse en esta ciudad de modo definitivo como médico al servicio de cardenales, inquisidores españoles y también como médico en los hospitales romanos en los que ejercía con gran pasión e interés. Fray Juan Álvarez de Toledo jugará un intenso y determinante papel en su vida y, por ello, le dedicará la primera edición de su gran tratado anatómico.

Su prestigio no paró de crecer por las relaciones y la importancia de las mismas, baste como ejemplo la intensa relación con el papa Paulo IV y los servicios que como médico desempeñó en la maravillosa ciudad eterna.