La procesión del Santo Vía Crucis (suspendida como tal por las adversas condiciones meteorológicas) tuvo un marcado carácter conmemorativo al celebrarse el  25 Aniversario de la bendición de las 14 estaciones, obra del escultor Luis Fernando Martínez, talladas en madera, sobre la cruz-emblema institucional de la hermandad del Santísimo Cristo de la Misericordia. 

Esta organiza desde 1947 el Santo Vía Crucis y hasta 1978 era habitual la presencia de la Venerable Orden Tercera de San Francisco de Asís con su imagen de Nuestra Señora de las Angustias, que en 1999, año en el que monseñor Rafael Palmero bendijo las estaciones en la iglesia de Nuestra Señora de la Calle, volvió a salir por tal motivo. 

Dado que dicha  imagen se encuentra en la capilla de la Fraternidad de San Francisco de Asís de la Orden Franciscana Seglar y que ya no procesiona dentro de los cortejos procesionales de la Hermandad de Cofradías Penitenciales, a instancias de la hermandad del Santísimo Cristo de la Misericordia en el marco del citado aniversario se organizó con el Vía Crucis un acto de veneración en el atrio de San Francisco.

El Vía Crucis, con los distintos momentos de La Pasión, desde Getsemaní hasta el sepulcro,  finalmente se desarrolló en la iglesia de la Virgen de Calle, y una vez concluido y la lluvia dio un respiro, se fue a venerar a Nuestra Señora de las Angustias o de la Piedad. 

En el templo, con Nuestra Señora del Perdón, las estaciones del Vía Crucis junto al Santísimo Cristo de la Misericordia, fueron portadas por dos hermanos de la Vera Cruz (IV y V), uno del Santo Sepulcro (X), dos de Nuestro Padre Jesús Nazareno (VI y VII), dos del Santísimo Cristo de la Misericordia (XI y XII), uno de la Soledad (XIV), dos de Jesús Crucificado (VIII y IX), dos de Medinaceli (II y III), uno de la Santísima Virgen de la Piedad (XIII) y uno de la Sentencia (I).

En este Vía Crucis del Miércoles Santo, el acompañamiento musical fue destacado. Así, abrió el Ensamble Piu Mosso con  Zum Eingang, de Franz Schubert, que también intervino en la tercera estación  (Jesús es condenado a muerte por el Sanedrín), Kyrie op. 75, de Oreste Ravanello; en la sexta (Jesús es azotado y coronado de espinas),  Ave verum corpus, de  W. A. Mozart; en la novena (Jesús consuela a las mujeres de Jerusalén), Weep o mine eyes, de John Bennet; y  en la decimotercera (Jesús muere en la cruz), Miserere Mei, de Antonio Lotti.

En la primera estación (Jesús en el Huerto de Getsemaní), la soprano Soraya Pérez interpretó  When I am laid in erath, de Purecell;  en la cuarta (Jesús es negado por Pedro) Erbarme dich mein Gott, de  Bach;  en la séptima (Jesús carga con la cruz), Pie Jesú (requiem), de Webber; en la décima (La crucifixión del Señor),  Stabat Mater Dolorosa, de Pergolesi;  en la duodécima (Jesús en la cruz con su madre y el discípulo),  Ave María,  de Caccini; y en la decimocuarta (Jesús es colocado en el sepulcro) Nessun dorma, de G. Puccini.  Al piano estuvieron Miguel Antón y Mariano Miguel.